z przeprowadzonej przez autorów analizy filogenetycznej wynika jego bliskie pokrewieństwo z berberozaurem. Autorzy interpretują Saltriovenator jako najstarszego znanego przedstawiciela ceratozaurów.
Saltriovenator miał w pełni rozwinięty trzeci palec kończyny przedniej (odpowiednik ludzkiego palca środkowego), składający się z czterech paliczków. Według Dal Sasso, Maganuco i Cau (2018) druga kość śródręcza S. zanellai budową przypomina najdłuższą kość śródręcza tetanurów, co wspiera interpretację tej kości śródręcza tetanurów jako homologicznej z drugą kością śródręcza innych teropodów (a nie z trzecią kością śródręcza, wbrew interpretacji Xu i współpracowników, 2009). Podobieństwa w budowie trzeciego palca kończyny przedniej S. zanellai i innych teropodów nienależących do tetanurów oraz palca kończyn przednich tetanurów, który przez Xu i współpracowników (2009) interpretowany był jako odpowiednik ludzkiego palca serdecznego, sugerują, że również te palce są homologiczne, a co za tym idzie również u tetanurów jest to w rzeczywistości palec będący odpowiednikiem ludzkiego palca środkowego.