Połączenie Linuksa z systemem GNU pozwalało stworzyć kompletny, wolny system operacyjny – GNU/Linux. Projekt GNU próbował współpracować z osobami przystosowującymi pakiety GNU do współpracy z Linuksem, spotykając się przy tym z niechęcią drugiej strony. Zintegrowanie wprowadzonych zmian z oprogramowaniem GNU również było trudne, ponieważ często były one nieprzenośne. Przystosowanie części komponentów było finansowane przez Projekt GNU. Kolejnym etapem było stworzenie kompletnych systemów – tzw. dystrybucji Linuksa. Jednymi z pierwszych były opublikowany 16 lipca 1993 Slackware LinuxWiadomość Patricka Volkerdinga na grupie dyskusyjnej comp.os.linux zatytułowana „ANNOUNCE: Slackware Linux 1.00”, założony miesiąc później DebianWiadomość Iana Murdocka na grupie dyskusyjnej comp.os.linux.development zatytułowana „New release under development; suggestions requested” i wydane w kolejny roku SuSE oraz Red Hat Linux.
Od tego czasu powstało wiele nowych wersji systemu GNU z Linuksem wykorzystywanym jako jądro, różniących się między sobą środowiskami graficznymi, systemami zarządzania pakietami, wersjami jądra itp. Obecnie do najpopularniejszych takich systemów należą m.in.