Okres wakacji szkolnych Domeyko przeznaczał na podróże po Andach na obszarze całego niemal kraju. Opisy tych podróży są barwne i wnikliwe, a to, co dotyczy w nich geologii, dziś jeszcze może być źródłem informacji. Do nich należy m.in. opis słynnego złoża El Teniente, które do dziś jest jednym z największych porfirowych złóż miedziowo-molibdenowych. Wyniki swych badań Domeyko przekazywał do swej macierzystej uczelni, École des Mines, w postaci bogatych kolekcji minerałów wysyłanych na ręce prof. Dufrénoya, oraz w postaci sprawozdań naukowych, które profesor przedstawiał na posiedzeniach Akademii Nauk i publikował w „Annales des Mines”.
Podczas sześcioletniego pobytu w Coquimbo Domeyko przygotowywał swoich następców. Najlepsi jego uczniowie zostali wysłani na dalsze studia do Paryża. Sam zamierzał po ich powrocie udać się ponownie do Francji, by tam czekać na rozwój wypadków w Polsce i w dogodnych warunkach powrócić do kraju. Tymczasem pożar laboratorium w Coquimbo zmusił go do przedłużenia pobytu o rok, potrzebny do odbudowy.