W roku 1954 diecezja oddała na użytkowanie seminarium budynek przy ul. Piłsudskiego 4 (wówczas Manifestu Lipcowego 4). W kolejnych latach dokonano wielu remontów i modernizacji tak, aby 17 listopada 2001 uroczyście świętować 400-lecie seminarium, które służy wielu pokoleniom kapłanów. 13 sierpnia 1991 seminarium odwiedził papież Jan Paweł II.
Od 2021 kandydaci przygotowujący się do kapłaństwa z archidiecezji krakowskiej i diecezji bielsko-żywieckiej, nie rozpoczynają od razu studiów, ale przeżywają tak zwany okres propedeutyczny, który przeznaczony jest na czytanie Pisma Świętego, osobistą modlitwę, pracę i rozeznawanie powołania. Trwa on jeden rok. Od października 2024 najmłodsi kandydaci do kapłaństwa mieszkają przez pierwszy miesiąc w Zakrzowie na terenie ośrodka wczasowo-rekolekcyjnego prowadzonego przez Caritas, po czym przenoszą się do krakowskiej siedziby seminarium na Podzamczu. Wprowadzenie okresu propedeutycznego spowodowało wydłużenie formacji do kapłaństwa z sześciu do siedmiu lat.
Obiekty Seminarium składa się z jednego budynku: budynek przy ul. Podzamcze 8, niedaleko Wawelu, zamieszkują klerycy. Budynek ten stanowi główną siedzibę seminarium – mieści się w nim rektorat.
Przełożeni Rektor ks. kan. R.M. prof. Robert Woźniak
Wicerektor ks. Jacek Moskal
Prokurator ks. kan.