Nowo zbudowany kościół padł dwukrotnie pastwą pożaru – w 1766 i 1778. Ten drugi wyrządził poważne straty w kompleksie kościelno-klasztornym. W następnych latach odbudowano kościół i klasztor. W latach 1792–1798 architekt Klemens Ksawery Fesinger ukończył fasadę i ozdobił ją napisem „Soli Deo Honor et Gloria”.
W chwili pierwszego rozbioru Polski w konwencie żyło 75 zakonników: 38 kapłanów, 12 kleryków i 25 braci. Klasztor lwowski szczęśliwie wyszedł obronną ręką z kasat józefińskich.
W 1811 w kaplicy św. Dominika zbudowano z karraryjskiego marmuru empirowy nagrobek Józefy hr. Dunin-Borkowskiej (zm. 1811), dłuta duńskiego rzeźbiarza Bertela Thorvaldsena, jedyne jego dzieło we Lwowie.
W 1865 w sąsiedztwie kościoła zbudowano dwukondygnacyjna wieżę-dzwonnicę, nawiązującą stylem do architektury kościoła. Autorem projektu był Józef Braunseis.