W latach 1885–1914 przeprowadzono gruntowną restaurację elewacji a następnie wystroju i wyposażenia wnętrza świątyni. Restaurację określono jako niefortunną, ponieważ w jej wyniku zatarto oryginalne cechy stylu wielu dzieł sztuki. Kolorystykę ścian zmieniono z białej na kremową, pozłocono zielone rzeźby przedstawicieli zakonów reguły augustiańskiej. Ołtarz główny został zastąpiony stiukową kopią. We wnętrzu zbudowano szereg nowych, neorokokowych ołtarzy i ambonę. Zmieniono formę latarni na kopule nadając jej kształt ośmioboku.
W 1916 oddano do użytku nowoczesne organy wykonane przez firmę Kazimierza Żebrowskiego z Krakowa, których prospekt zaprojektował Edgar Kováts. Po wojnie organy zostały przeniesione do gmachu Filharmonii, gdzie znajdują się obecnie w stanie destruktu.
Dominikanie działali w swym klasztorze do II wojny światowej. Po zakończeniu wojny zostali zmuszeni do opuszczenia swej siedziby. Budynek klasztorny został w 1972 zamieniony na Muzeum Religii i Ateizmu, zaś w kościele ulokowano m.in. magazyn cementu; później kościół włączono w skład muzeum, które działało w dotychczasowej formule do 1990. Cudowny obraz Matki Boskiej Zwycięskiej po wojnie znalazł się w Gdańsku, w tamtejszym kościele dominikańskim;