W drodze do Indii Wschodnich Jacobsz specjalnie opuścił konwój, w którym płynęła „Batavia” i spiskowcy wraz z niewielką grupą marynarzy usiłowali sprowokować incydent, który miał doprowadzić do buntu większości marynarzy, co jednak im się nie udało.

4 czerwca 1629 r. statek wszedł na rafę w pobliżu wyspy Beacon. Z 341 osób przebywających na pokładzie 301 udało się przedostać na okoliczne wyspy (40 osób utonęło). Grupa oficerów, marynarzy i kilku pasażerów pod dowództwem Pelsaerta przeszukała okolicę w celu znalezienia wody pitnej. Nie znalazłszy żadnego źródła, Pelsaert i grupa marynarzy na pokładzie 10-metrowej łodzi udali się w podróż do Batavii (obecnie Dżakarta) po pomoc, pozostawiając za sobą 268 osób. Na miejsce dotarli po 33 dniach i Pelsaert na pokładzie innego statku natychmiast wyruszył w podróż powrotną, aby uratować resztę załogi i pasażerów. Kiedy przybył na miejsce, gdzie rozbiła się „Batavia” odkrył, że w czasie jego nieobecności wybuchł tam bunt.