Dowodzona przez Cornelisza i Jacobsza grupa marynarzy w oczekiwaniu na statek, który miał ich uratować zamordowała 125 osób (w tym kobiety i dzieci) oraz planowała porwać statek ratowniczy. Nie udało im się to jednak, zostali schwytani i straceni. Dwóch buntowników, których uznano za winnych w niewielkim tylko stopniu, zostało porzuconych na brzegu Australii. Więcej już ich nigdy nie widziano, ale w późniejszym okresie brytyjscy osadnicy opisywali dziwnych aborygenów o niezwykle jasnej skórze. Nie jest więc wykluczone, że marynarze ci przyłączyli się do jednego z zamieszkujących te tereny plemion aborygeńskich.
W 1970 r. wydobyto z morza część kadłuba „Batavii”, a także artefaktów z jej pokładu, większość obiektów znajduje się obecnie w Muzeum Morskim Australii Zachodniej w Fremantle.
Współczesna replika mały|XX-wieczna replika „Batavii” W 1995 roku w Lelystad w Holandii zbudowano replikę „Batavii” używając do tego tradycyjnych materiałów szkutniczych, takich jak: dąb (kadłub) czy konopie (liny). Okręt zbudowano przy wykorzystaniu narzędzi i technologii z