Karol Hlavaty, znając język polski, rosyjski, ukraiński i niemiecki był pilnie potrzebny bolszewikom (NKWD) do tłumaczenia dokumentów. Antoni próbował dostać się na studia medyczne we Lwowie, jednak nie udawało się to ze względu na sędziowską przeszłość ojca. Aby mieć kontakt z medycyną, podjął pracę w szpitalu w charakterze salowego. Latem 1941 do Lwowa i Kołomyi wkroczyli Niemcy. Dopiero w 1943 jako jeden z niewielu Polaków wśród Ukraińców, został studentem medycyny we Lwowie. Wykłady i ćwiczenia prowadzone były w języku niemieckim. W 1944 po wycofaniu się Niemców Lwów zajęła ponownie Armia Czerwona. Rosjanie szukali tłumaczy wśród studentów Uniwersytetu Lwowskiego. Wybranych 20 kandydatów i wcielono do Armii Czerwonej i skierowano na front do walki z Niemcami.
W grudniu 1944 Hlavaty został zwolniony z wojska i udał się do Lublina. Spotkany prof. Ludwik Hirszfeld, ówczesny prorektor, napisał mu na kawałku papieru z paczki UNRRA rekomendację dla Uniwersytetu Marii Curie-Skłodowskiej. Hlavaty został studentem medycyny w Katedrze Medycyny Wojskowej z zaliczeniem mu roku studiów we Lwowie.