Wtedy też cerkiew w Siemiatyczach ponownie stała się świątynią prawosławnąG. Sosna, Rys historii parafii prawosławnej w Siemiatyczach [w:] Jedynie diecezja chełmska kontynuowała działalność do przymusowej likwidacji w 1875.. W momencie zmiany wyznania parafia była uboga, co przekładało się także na wygląd i wyposażenie cerkwiHistoria parafii świętych apostołów Piotra i Pawła w Siemiatyczach [w:]Kalendarz Prawosławny 2012, Wydanie Warszawskiej Metropolii Prawosławnej, , ss. 188–190.
Cerkiew prawosławna w latach 1840–1864 Od 1840 należała do dekanatu drohickiego eparchii wileńskiej i litewskiejA. Dobroński, Siemiatycze pod zaborem rosyjskim [w:] . W 1851 liczbę parafian szacowano na 2782 osoby (386 z Siemiatycz), dziesięć lat później było ich 2846.