Oznaczenie modeli Jako że MD-80 nie był zupełnie nowym projektem, funkcjonował na poprawionej licencji DC-9 (podobna sytuacja miała miejsce w przypadku MD-90 i Boeing 717). Wniosek o pierwszą poprawkę z przemianowaniem na DC-9-81, został zatwierdzony 26 sierpnia 1980 roku. W 1983 roku McDonnell Douglas zdecydował, że DC-9-80 (Super 80) mógłby być określany jako MD-80. Kolejna zgłoszona poprawka obejmująca wszystkie modele (MD-81, MD-82 i MD-83) została przyjęta 10 marca 1986 roku.
Mimo braku licencji do 21 października 1987 roku, McDonnell Douglas wystąpił o kolejne certyfikacje nazw DC-9-87 i DC-9-87F w dniu 14 lutego 1985 roku. Ta maszyna, podobnie jak poprzednie, została oficjalnie nazwana DC-9-87 (MD-87), jednak na tabliczkach znamionowych nie pojawiło się DC-9-87. Dla MD-88 certyfikacja została dokonana po wcześniejszych zmianach, dlatego 8 grudnia 1987 roku na licencji pojawiło się już MD-88, zamiast DC-9-88. W bazie danych na stronie FAA pojawiają się nazwy DC-9-88 i DC-9-80, jednak nie są one używaneFAA Registry..