GNU sprzeciwia się patentom na oprogramowanie, ponieważ według projektu niemal każdy innowacyjny program wykorzystuje nowe metody, a to czy zostały już wcześniej opatentowane zależy od szczęścia, co z kolei znacznie utrudnia tworzenie nowych programów. Projekt sprzeciwia się patentom m.in za pomocą kampanii „Koniec patentów na oprogramowanie” (ang. End Software Patents).
Projekt sprzeciwia się także tzw. zaufanej technice komputerowej (ang. Trusted Computing), nazywanej przez niego „zdradziecką techniką komputerową” (ang. Treacherous computing), oraz systemom DRM nazywanym przez niego Systemem Zarządzania Cyfrowymi Restrykcjami (ang. Digital Restrictions Management), które pozwalają dostawcom oprogramowania na przejęcie kontroli nad komputerem ich użytkownika. Projekt sprzeciwia się systemom DRM m.in za pomocą kampanii „Defective by design”.