Deklarację swej lojalności powtórzył za pośrednictwem brata, Jana Karskiego, przesyłając w trakcie jego pierwszej misji do Francji, w styczniu 1940, listę policjantów „godnych zaufania” w celu nawiązania z nimi współpracy konspiracyjnej. Od wiosny 1940 był zaangażowany w tworzenie struktur Polskiego Państwa Podziemnego w Policji Polskiej.
Ppłk Marian Kozielewski był również współautorem pierwszego raportu Jana Karskiego, który zredagował wspólnie z bratem już w końcu 1939 roku w Warszawie. Raport ten zatytułowany „Zagadnienie żydowskie w Polsce pod okupacjami” poświęcony był nastrojom oraz losom ludności żydowskiej na terenach Polski okupowanych przez III Rzeszę oraz ZSRR. Fakt ten we wstępie pt. „Dane osobiste sprawozdawcy” odnotowuje raport Karskiego, gdzie Marian Kozielewski występuje pod pseudonimem „Konrad”Misja Karskiego w Muzeum Historii Polski.. Pierwszy raport, który powstał już w końcu grudnia 1939 roku z polecenia kierownictwa Polskiego Państwa Podziemnego i za pośrednictwem chargé d’affaires Dawidowicza w pierwszych dniach stycznia 1940 roku, otrzymał Rząd RP na uchodźstwie rezydujący wówczas we francuskim mieście AngersStanisław Jankowski: Karski raporty tajnego emisariusza. Warszawa: 2013. .Jan Karski: Zagadnienie żydowskie w Polsce pod okupacjami.