Wyższe Seminarium Duchowne w Pelplinie – seminarium duchowne diecezji pelplińskiej Kościoła katolickiego, działające w ramach struktur Wydziału Teologicznego Uniwersytetu Mikołaja Kopernika w Toruniu.
Seminarium erygowane zostało w Chełmnie w 1651 roku przez bpa Andrzeja Leszczyńskiego dla diecezji chełmińskiej. W 1829 roku zostało przeniesione do Pelplina. Seminarium posiada własną bibliotekę. Mieści się w pocysterskich zabudowaniach w Pelplinie przy katedrze pelplińskiej.
Historia Seminarium duchowne swoim początkiem sięga roku 1651, kiedy to bp Andrzej Leszczyński wydał dekret erygujący seminarium w Chełmnie. Szkoła jednak szybko upadła z powodu niewystarczającego uposażenia oraz wybuchu wojny ze Szwecją. Zostało na nowo uposażone i reaktywowane przez bpa Jana Małachowskiego w 1677 roku. Biskup ten powierzył prowadzenie seminarium Księżom Misjonarzom św. Wincentego á Paulo, którzy kierowali nim do 1822 roku. Po wydaniu przez papieża Piusa VII bulli De salute animarum, reorganizującą struktury terytorialne Kościoła w Prusach, po wojnach napoleońskich, uczelnia w 1829 roku została przeniesiona z Chełmna do Pelplina. Została umiejscowiona w zabudowaniach pocysterskich, sąsiadujących z gotycką katedrą, w których znajduje się po dziś dzień. Biskup Mathy (1824-1832) zorganizował pelplińską szkołę i utworzył bibliotekę.