W okresie Kulturkampfu w latach 1876–1887 seminarium przerwało swoją działalność. Po jedenastu latach przerwy, dzięki staraniom biskupa Rednera zaczęło znów normalnie funkcjonować.
W I połowie XX wieku Biskup Stanisław Wojciech Okoniewski (1926-1944) zreformował tok nauczania seminaryjnego, rozbudował je, wprowadził seminaria naukowe. Wybuch II wojny światowej spowodował kolejną przerwę w działalności, tym razem na 6 lat. 20 października 1939 hitlerowcy zamordowali prawie wszystkich pelplińskich wykładowców.
Seminarium zostało ponownie otwarte dzięki staraniom ks. Andrzeja Wronki, a 10 listopada 1945 roku nastąpiła pierwsza inauguracja roku akademickiego. Znaczący rozwój seminarium nastąpił za czasów bpa Józefa Kowalskiego (1946–1972). Od momentu wyboru Jana Pawła II na papieża wzrosła gwałtownie liczba powołań – za czasów rektora Jerzego Buxakowskiego (1976–1992) dosięgła prawie 300 osób.
Od 1992 roku, w związku z reorganizacją terytorialną Kościoła w Polsce, na mocy bulli papieża Jana Pawła II Totus Tuus Poloniae populus seminarium znajduje się na obszarze nowo utworzonej diecezji pelplińskiej. Nowy ordynariusz powierzył urząd rektora ks.