drowi Wiesławowi Meringowi, który swój urząd pełnił do czasu mianowania na biskupa włocławskiego w 2003 roku.
Od roku 2003 do 2015 rektorem Wyższego Seminarium Duchownego w Pelplinie był ks. mgr lic. Antoni Bączkowski. W 2016 roku objął ją ks prof. dr hab Wojciech Pikor, które swoje obowiązki pełnił do roku 2019. Od 2019 roku rektorem jest ks. dr Tomasz Huzarek.
W 2002 roku miały miejsce obchody jubileuszu 350-lecia istnienia, na których gościem był ks. kard. Zenon Grocholewski. Seminarium uczciło tę rocznicę wydaniem Księgi Jubileuszowej.
Rektorzy
ks. bp Konstantyn Dominik (1920-1932) ks. Franciszek Różyński (1932-1935) ks. Józef Roskwitalski (1935-1939) ks. Józef Grochocki (1945-1961) ks. Antoni Liedtke (1961-1970) ks. Franciszek Znaniecki (1970-1976) ks. Jerzy Buxakowski (1976-1992) ks. bp Wiesław Mering (1992-2003) ks. Antoni Bączkowski (2003–2015) ks. Wojciech Pikor (2015-2019) ks. dr Tomasz Huzarek (2019-)
Wykładowcy
Władze Rektor: ks. dr Tomasz Huzarek Prefekt studiów: ks. dr Arkadiusz Drzycimski Ojciec duchowny: ks. dr Sławomir Kunka Ojciec duchowny: ks.