W 2004 roku Domínguez wyjechał do rosyjskiego Rubinu Kazań. W Rubinie stał się zawodnikiem wyjściowej jedenastki i w pierwszym sezonie gry zajął 10. pozycję w Premier Lidze. W 2005 roku Rubin był rewelacją rozgrywek rosyjskiej ligi i zajął wysoką 4. pozycję, a Domínguez strzelił 6 goli. W 2006 roku Argentyńczyk spisywał się jeszcze bardziej udanie – dla Rubinu, który zajął 5. pozycję strzelił 13 goli w lidze, a na koniec roku został uznany Obcokrajowcem Roku w plebiscycie czasopisma Sport-Express.
Przed rozpoczęciem sezonu 2007 Domínguez za 7 milionów euro przeszedł do Zenitu Petersburg. Transfer ten stał się wówczas najwyższym w historii pomiędzy dwoma klubami rosyjskimi a został pobity w 2008 roku przez Portugalczyka Danny’ego. W Zenicie Argentyńczyk zadebiutował 31 marca 2007 w przegranym 1:3 domowym spotkaniu ze Spartakiem Moskwa. W 2007 roku wywalczył z Zenitem mistrzostwo Rosji. Z kolei w 2008 roku sięgnął po dwa europejskie trofea – Puchar UEFA, a także Superpuchar Europy.