W konflikcie uczestniczyły Stany Zjednoczone, w efekcie czego przejęły one kontrolę nad krajem.
Po przegranej rewolucji misjonarze hiszpańscy musieli opuścić kraj, nieliczni katolicy filipińscy zostali osamotnieni, pozbawieni kierownictwa duchowego z powodu niewielkiej grupy rodzimych kapłanów, którzy nie byli w stanie zapewnić sobie szacunku wśród własnej ludności ze względu na przywiązanie do Kościoła reżimowego. W wyniku tego ksiądz katolicki Gregorio Aglipay y Labayon postanowił zorganizować krajowy i niezależny Kościół katolicki, który do dziś opiera się na połączeniu katolicyzmu z nacjonalizmem filipińskim.
Dialog ekumeniczny Silne związki zostały wypracowane ze Wspólnotą anglikańską i Unią Utrechcką Kościołów Starokatolickich, które ostatecznie doprowadziły do pełnej komunii. W 1999 roku zawiązano interkomunię z Wielkim Kościołem Chrystusa na Filipinach.