Nauka Niezależnego Kościoła Filipińskiego W sprawowaniu świętych czynności posługuje się kalendarzem liturgicznym roku kościelnego i językiem hiszpańskim. Najwyższą cześć Kościół oddaje Bogu w Trójcy Świętej Jedynemu. Kościół oddaje cześć aniołom, apostołom, męczennikom i świętym, a wśród nich w szczególny sposób Maryi Pannie. Kościół uznaje tradycyjne 7 sakramentów, zgodnie z nauką Kościoła katolickiego. Eucharystia sprawowana jest pod dwiema postaciami: Ciała i Krwi Pańskiej. Wierni wierzą jednak, że chleb i wino, pozostają tylko symbolami podczas Mszy Świętej i nie zmieniają się w rzeczywiste Ciało i Krew Jezusa Chrystusa. W Kościele są sprawowane dwie formy spowiedzi: indywidualna (uszna w konfesjonale) oraz ogólna (sprawowana bądź jako odrębny obrzęd przed ołtarzem, bądź w połączeniu z Mszą Świętą w części zwanej Spowiedzią Powszechną). Do spowiedzi indywidualnej są zobowiązane przystępować dzieci oraz młodzież do sakramentu bierzmowania. Kościół nie uznaje dogmatu o nieomylności papieża oraz odrzuca celibat duchownych. Kościół uznaje trójstopniową władzę święceń kapłańskich: diakonat, kapłaństwo i biskupstwo. Posługa kapłaństwa kobiet jest dopuszczona, chociaż nie jest powszechnie praktykowana.