W kwestii moralnej Kościół charakteryzuje się liberalnymi poglądami, nie zabrania swoim wiernym antykoncepcji, a w określonych przypadkach nie potępia również aborcji.
Najwyższy biskup Zwierzchnicy Kościoła (noszący tytuł: Najwyższego biskupa) na przestrzeni lat: 1902–1940 – bp Gregorio Aglipay y Labayan (ur. 1860, zm. 1940) 1940–1946 – bp (ur. 1885, zm. 1977) 1946 – bp Gerardo Bayaca y Medina 1946–1971 – bp Isabelo de los Reyes 1971–1981 – bp Macario Ga y Vilches (ur. 1900, zm. 1971) 1981–1987 – bp Abdias dela Cruz y Rebantad 1987–1989 – bp 1989–1993 – bp 1993–1999 – bp (ur. 1936, zm. 2006) 1999–2005 – bp Tomas Millamena y Amabran 2005–2011 – bp Godofredo David y Juico 2011–2017 – bp 2017–2023 – bp od 2023 – bp
Administracja Kościół podzielony jest na 40 diecezji, w skład których wchodzą 726 parafie, obsługujące 2218 kaplic i kościołów. Niezależny Kościół Filipiński ma 44 biskupów, 688 kapłanów i 50 diakonów oraz ok. 3 mln wiernych (najwięcej z nich mieszka na wyspie Luzon), będąc uznanym za największy Kościół starokatolicki na świecie. Kościół w swoim zarządzaniu podzielony jest na Radę Biskupów, Radę Kapłanów i Radę Świeckich. Niezależny Kościół Filipiński prowadzi również trzy seminaria duchowne. Siedzibą zwierzchnich władz Kościoła jest Manila.