Odmowa Polskiego Narodowego Kościoła Katolickiego na stworzenie unii starokatolickiej w Polsce spowodowała, że Polski Kościół Starokatolicki musiał starać się o rejestrację oddzielnieTadeusz i Jerzy Piątek, Religie Świata – Starokatolicyzm, Warszawa 1987, s. 137–142.. W tym czasie centrum religijne Kościoła zostało przeniesione do Łodzi. Zorganizowano też biskupstwo we Wrocławiu, które objął miejscowy proboszcz starokatolicki, Zygmunt SzypoldStanisław Opasek, Ewangelicki Kościół Odkupienia [z: Nowe Życie, 9/2006], Wrocław 2006..
5 września 1947 Polski Kościół Starokatolicki otrzymał rejestrację swojej działalności w Polsce. W 1948 wspólnotę opuścił biskup Władysław Faron, który przeszedł do Kościoła rzymskokatolickiego. Nowym zwierzchnikiem Polskiego Kościoła Starokatolickiego został biskup Zygmunt Szypold. Przewodził on Kościołowi do 1964, po czym również przystąpił do Kościoła rzymskokatolickiego.