Swary duchownych przyczyniły się również do stopnienia liczby wiernych.
Osłabiony schizmą Polski Kościół Starokatolicki przetrwał do 1939 roku. Przestał jednak praktycznie istnieć w czasie II wojny światowej, gdy w latach 1941–1945 pod zarzutem udzielania rozwodów bez zgody władz Rzeszy Wielkoniemieckiej biskup Faron został uwięziony przez niemieckiego okupanta, następnie zaś za odmowę współpracy z Gestapo zesłany do obozu koncentracyjnego.
Polski Kościół Starokatolicki w Polsce Ludowej Po II wojnie światowej zwolniony z więzienia biskup Władysław Faron osiadł w Legionowie, gdzie stworzył parafię starokatolicką, wybudował kościół przy dzisiejszej ul. Piłsudskiego i rozpoczął pracę nad rozwojem struktur swojej denominacji.
W 1945 kierownictwo Chrześcijańskiej Rady Ekumenicznej zaproponowało utworzenie na terenie Polski starokatolickiego Kościoła unijnego i podjęło decyzje o mianowaniu jego zwierzchnikiem biskupa Farona. Nowe wyznanie miało przyjąć nazwę Polski Starokatolicki Kościół. Wkrótce okazało się jednak, że zjednoczeniem zainteresowane są tylko Polski Kościół Starokatolicki i Starokatolicki Kościół Mariawitów.