Na swym pierwszym konsystorzu, zażądał on od kardynałów rozesłania listów do kardynałów z Awinionu oraz do europejskich władców z zapewnieniami o kanoniczności elekcji.
Nowy papież okazał się człowiekiem wyniosłym i brutalnym, a zdaniem niektórych wręcz obłąkanym. Jego niezbyt przemyślane pomysły reformatorskie szybko skonfliktowały go z kardynałami, którzy w tej sytuacji zaczęli coraz śmielej wyrażać swe wątpliwości co do legalności kwietniowego wyboru, jako dokonanego pod naciskiem tłumu. W maju 1378 francuscy kardynałowie zaczęli stopniowo wyjeżdżać z Rzymu do Anagni. Miesiąc później w Rzymie pozostali już tylko czterej włoscy kardynałowie. W lipcu 1378 kardynałowie wysłali do Urbana VI list, w którym określili go jako „arcybiskupa Bari Bartolomeo Prignano” i zadeklarowali, że według nich nadal trwa sede vacante.
2 sierpnia 1378 kardynałowie zgromadzeni w Anagni (dwunastu Francuzów i Hiszpan Pedro de Luna) wydali manifest, w którym wskazali, że podczas kwietniowego konklawe nie mieli zapewnionej swobody wyboru, lecz działali ze strachu przed śmiercią z rąk motłochu.