Stałym członkiem klasztornej kapeli xx. filipinów na Świętej Górze koło Gostynia, mógł być co najwyżej w niepełnej, ostatniej dekadzie swojego życia.
Józef Zeidler umarł z powodu tzw. zapalnej gorączki. Został pochowany na przyklasztornym cmentarzu na Świętej Górze koło Gostynia, przy czym aktualnie miejsce pochówku nie jest znane. Żona Barbara zmarła 6 września 1817 roku w Gostyniu i spoczęła na tamtejszym cmentarzu parafialnym.
Kompozytor patronuje Stowarzyszeniu Miłośników Muzyki Świętogórskiej, organizatorowi Festiwali Muzyki Oratoryjnej „Musica Sacromontana” i Państwowej Szkole Muzycznej I stopnia w Gostyniu.
Przez prawie 200 lat spuścizna muzyczna Zeidlera była w znacznym stopniu zapomniana. Dopiero w roku 2006, w 200. rocznicę śmierci kompozytora, wykonano jego dzieła na I Festiwalu Muzyki Oratoryjnej „Musica Sacromontana”. Muzyka ta wzbudziła zainteresowanie krytyków i publiczności. Kompozytor patronuje Stowarzyszeniu Miłośników Muzyki Świętogórskiej, organizatorowi Festiwali Muzyki Oratoryjnej „Musica Sacromontana” i Państwowej Szkole Muzycznej I stopnia w Gostyniu.
Dotychczasowa narracja dotycząca zamieszkania Józefa Zeidlera w Gostyniu od 1755 roku straciła swoją aktualność po odkryciu jego rodowodu w 2023 r.