Wraz ze zniszczeniem twierdzy ziemie dostały się pod panowanie tureckie, skąd z kolei przeszły ponownie pod chwilowe panowanie Rzeczypospolitej. Ostatecznie po IV wojnie rosyjsko-tureckiej rejon dzisiejszego Dniepru ostatecznie dostał się pod panowanie rosyjskie, choć granica Imperium z chanatem krymskim przechodziła jedynie 100 km na południe od miasta.
W 1688 r. w czasach Hetmanatu na miejscu osady Samara zbudowano bastionową twierdzę Bogorodica obsadzoną następnie przez moskiewską załogę.
Bliskość granicy nie przeszkodziła jednak w silnym osadnictwie i w następnych latach powstaje wiele mniejszych i większych osad w okolicy, część w dzisiejszych granicach miasta: Romankowo (Романково, 1740), Trytuzne (Тритузне, 1740), Kamieńskie (Кам'янське, 1750), Suchacziwka (Сухачівка, 1770, dziś w granicach miasta), Dijiwka (Діївка, 1775) (dziś w granicach miasta), Czapli (Чаплі, w latach 60. XVIII wieku), Odynkiwka (Одинківка, 1776). Już od 1732 r. istniała wieś Karnauhiwka (Карнаухівка, dziś terytoria miasta Kamieńskie), a w latach 1736–1783 u ujścia Samary istniała rosyjska twierdza (Усть-Самарский ретраншемент – tłum. dosłownie: Ujścio-Samarskie umocnienia), aktualnie znana jako wieś Rybalśke (Рибальське).