W Czerwonej księdze gatunków zagrożonych Międzynarodowej Unii Ochrony Przyrody i Jej Zasobów pojawił się po raz pierwszy w 1965 roku, kiedy to wskazano na brak badań wystarczających do ustalenia statusu gatunku. W kolejnych latach (1982, 1986, 1988, 1990, 1994) pozostawiano status nieustalony. W 1996 roku określono gatunek jako niższego ryzyka / bliski zagrożenia, w 2008 roku zmieniono to, klasyfikując pudu północnego jako narażony na wyginięcie. W 2018 roku wskazano jednak brak wystarczających danych (DD). IUCN wskazuje na prawdopodobne zagrożenie wobec niewielkiej liczebności rozczłonkowanych populacji i dalszy spadek. Nowe publikacje wskazały jednak na to, że populacja zamieszkująca wschodnie stoki Andów w Peru należy raczej do osobnego gatunku, nazwanego – Pudella carlae – w 2024 roku przez zespół złożony z południowoamerykańskich teriologów.
IUCN wspomina intensywne polowania na pudu północnego prowadzone przez miejscową ludność od lat 50. do 80. XX wieku. Obecnie jednak większe zagrożenia stanowią polowania przez psa domowego i dewastacja siedlisk przez człowieka.