Niemcy jednak wpadli na trop kryjówki za sprawą zdrady Karela Čurdy, który ujawnił nazwiska osób pomagających spadochroniarzom.
18 czerwca 1942 Niemcy otoczyli kościół i zaatakowali. Podczas ataku Jan Kubiš razem z Adolfem Opálką i Josefem Bublíkiem bronili się na chórze kościoła. Po wybuchu granatu Kubiš stracił przytomność. Wspólnie broniący się Opalka i Bublik widząc sytuację bez wyjścia, popełnili samobójstwo. Kubiš zmarł w wyniku odniesionych ran w sanitarce wiozącej go do szpitala. Po siedmiu godzinach walki wszyscy pozostali członkowie grupy broniący się w cerkwi: Jozef Gabčík, Jaroslav Švarc, Jan Hrubý i Josef Valčík również popełnili samobójstwo. Cała rodzina Jana Kubiša została aresztowana i wkrótce wszyscy zginęli w obozie koncentracyjnym Mauthausen-Gusen.
Pośmiertne honory Pośmiertnie odznaczany i awansowany: do stopnia porucznika (1942); kapitana (1945) i pułkownika (2002).
W czeskich miastach Praga, Pardubice, Tábor i Třebíč znajdują się ulice Jana Kubiša.
W 2013 roku otwarto muzeum Jana Kubiša w domu jego urodzenia w Dolních Vilémovicach w powiecie Třebíč.