Na początku sezonu 2004/2005 zdobył zaufanie nowego trenera drużyny, Rafaela Beníteza, który wystawiał Polaka w najważniejszych spotkaniach. W 2005 ponownie zagrał w finale Pucharu Ligi Angielskiej, jednak tym razem jego zespół uległ po dogrywce Chelsea 3:2. 25 maja 2005 zagrał na Atatürk Olimpiyat Stadyumu w Stambule w finałowym meczu Ligi Mistrzów przeciwko włoskiemu A.C. Milan, w którym dzięki trzykrotnej obronie w serii rzutów karnych, przyczynił się do zdobycia przez swój klub trofeum. Interwencję Dudka podczas dogrywki uznano za trzecią najefektowniejszą paradę bramkarską w historii piłki nożnej oraz za najbardziej pamiętny moment w historii Ligi Mistrzów.. Ponadto drugi raz został nominowany przez UEFA do nagrody dla najlepszego bramkarza, jednak tym razem tryumfatorem okazał się Czech Petr Čech. Zdobył także Superpuchar Europy, jednak z powodu urazu nie zagrał przeciwko rosyjskiemu CSKA Moskwa (3:1).
W sierpniu 2005 podczas treningu doznał kontuzji łokcia i od sezonu 2005/2006 był rezerwowym bramkarzem zespołu po tym, jak trener Rafael Benítez sprowadził swojego rodaka, José Reinę. W styczniu 2006 zajął ósme miejsce w 71. Plebiscycie „Przeglądu Sportowego” na najlepszego polskiego sportowca w 2005.