W 1940 r. Lipawę włączono do ZSRR. Planując napaść na zachód Europy, w porcie zgromadzono 3/4 zapasów paliwa Floty Bałtyckiej. 22 czerwca 1941 miasto znalazło się w ogniu walk z Wehrmachtem, który zdobył Lipawę wraz ze znajdującymi się tutaj materiałami pędnymiWiktor Suworow „Dzień M”, Rebis Poznań 2008, s. 87..

Podczas II wojny światowej Lipawa uległa znacznym zniszczeniom, a terror okresu stalinowskiego sprawił, że została częściowo wyludniona, głównie przez deportacje na Syberię, ale również przez ucieczki mieszkańców miasta na zachód. Niemcy wymordowali miejscowych Żydów (ok. 6500) w 1942 r.

Podczas okupacji sowieckiej w latach 1945–1991 port w Lipawie przestał pełnić funkcje handlowe, gdyż dawny port marynarki rosyjskiej, a następnie łotewskiej został przekształcony w bazę Floty Bałtyckiej ZSRR i bazę okrętów podwodnych. Dzielnica Karosta, zamieszkiwana przez 20 tys. ludzi, stała się obszarem zamkniętym.

Port wznowił działalność dla żeglugi handlowej w 1991 roku, po czym w 1994 roku z Lipawy wycofały się ostatnie siły radzieckie. W 1997 roku utworzenie specjalnej strefy ekonomicznej stanowiło punkt zwrotny, przyspieszając wzrost gospodarczy zarówno portu, jak i całego miasta.