Zrzeszenie to podczas walnego zgromadzenia 21 października 1989 roku podjęło decyzję o reaktywowaniu Krakowskiej Kongregacji Kupieckiej.
Godłem Kongregacji jest unoszona przez fale koga, najważniejszym organem walne zgromadzenie, które wybiera Radę Kongregacji i prezesa.
Współczesna działalność
Po reaktywacji w 1989 roku Krakowska Kongregacja Kupiecka działa jako zrzeszenie samorządu gospodarczego. Według miejskiego „Pocztu Krakowskiego” organizacja skupia związki branżowe handlu rolno-spożywczego, przemysłowego, gastronomii, usług i spółek oraz placów targowych, a także oddziały terenowe w Brzesku, Limanowej, Myślenicach i Proszowicach. W źródle tym podano, że Kongregacja zrzeszała 340 członków zatrudniających około 6500 osób.
Organizacja reprezentuje interesy środowiska kupieckiego i przedsiębiorców w kontaktach z administracją publiczną. W uzasadnieniu przyznania Kongregacji Złotego Medalu „Cracoviae Merenti” wskazano, że współcześnie jest ona partnerem miasta w działaniach na rzecz rozwoju małych i średnich przedsiębiorstw, podejmuje inicjatywy legislacyjne oraz ocenia funkcjonujące przepisy prawa.