Kongregacja uczestniczy w miejskich gremiach doradczych i konsultacyjnych. W 2024 roku przedstawiciel Krakowskiej Kongregacji Kupieckiej Andrzej Koc wszedł w skład Komisji Zrównoważonej Gospodarki Nocy przy Prezydencie Miasta Krakowa. Komisja zajmuje się m.in. regulacjami dotyczącymi ogródków restauracyjnych, koncesji i monitoringu handlu alkoholem, porządku publicznego, organizacji ruchu, infrastruktury miejskiej oraz współpracy mieszkańców z przedsiębiorcami. W 2026 roku Wiesław Jopek, prezes Krakowskiej Kongregacji Kupieckiej, został powołany do Prezydium Krakowskiej Rady Przedsiębiorczości.
Kongregacja prowadzi również działalność integracyjną i promocyjną związaną z tradycjami kupieckimi oraz lokalną przedsiębiorczością. Do wydarzeń organizowanych przez Kongregację należy Małopolski Festiwal Pierogów, odbywający się na Małym Rynku w Krakowie. Według oficjalnej strony organizacji Kongregacja angażuje się także w wydarzenia handlowe, targowe i miejskie, m.in. jarmarki oraz przedsięwzięcia związane z tradycjami kupieckimi.
Kontrowersje i spory publiczne