Elektorat Saksonii, ponowne związki z Polską i czasy napoleońskie W 1635 r. wraz z większością Łużyc przyłączony do Elektoratu Saksonii. W okresie unii polsko-saskiej przez miasto prowadziła jedna z tras łączących Drezno i Warszawę. W trakcie wojny domowej w Polsce król August II Mocny uwięził w Budziszynie biskupa poznańskiego Mikołaja Święcickiego. Miasto zostało poważnie zniszczone w czasie dwóch kolejnych pożarów w 1707 i 1720 r. Ponowny rozwój nastąpił od poł. XVIII wieku.
W 1804 r. przebywał w Budziszynie Stanisław Staszic, który zauważył obecność żywiołu łużyckiego w mieście. Od 1806 część Królestwa Saksonii, połączonego w latach 1807–1815 unią z Księstwem Warszawskim. W maju 1813 r. pod Budziszynem miała miejsce bitwa wojsk napoleońskich z połączonymi siłami prusko-rosyjskimi, zakończona zwycięstwem Francuzów. Przed bitwą w mieście nocował cesarz Napoleon I.
Ośrodek przebudzenia narodowego Serbołużyczan i włączenie do zjednoczonych Niemiec mały|upright=1.1|Budziszyn ok. 1850 roku W XIX wieku miasto stało się głównym ośrodkiem przebudzenia narodowego Serbołużyczan. W 1839 r. w Budziszynie zostało założone towarzystwo gimnazjalne Societas Slavica Budissenensis.