W latach 1949–1990 Budziszyn stanowił część NRD. Dawne więzienia nazistowskie zostały przekształcone w więzienia komunistyczne, w których władze Wschodnich Niemiec więziły członków demokratycznej opozycji, więzienie Bautzen I stało się jednym z największych w NRD. W 1950 r. w Budziszynie odbył się zjazd Łużyczan, a szesnaście lat później Festiwal Kultury Łużyckiej. Tradycja ta była kontynuowana w latach późniejszych; do 1989 r. odbyło się w mieście siedem festiwali łużyckich. W 1991 reaktywowano Związek Sześciu Miast. W 1992 miasto liczyło 46 311 mieszkańców. Odkryta w 1994 r. Asteroida (11580) Bautzen nazwana została na cześć miasta. W 1994 do Budziszyna włączono dzielnice Niederkaina i Stiebitz, a w 1999 dzielnicę Kleinwelka. W 2002 miały miejsce obchody 1000-lecia miasta, nawiązujące do pierwszej historycznej wzmianki, a w 2010 miasto dotknęła powódź.