Ponieważ obcym nie wolno było wówczas opuszczać Nagasaki, po wielu petycjach i rozmowach z wysokimi urzędnikami japońskim mnichom udało się uzyskać zezwolenie na przejazd Yinyuana z Nagasaki do Kioto. Przebywał tam przez jakiś czas w Fumon-ji, małej świątyni jednego ze swych japońskich uczniów. Ponieważ nie zgodzono się aby został opatem Myōshin-ji, postanowił wybudować nowy klasztor. Pierwsze wybrane miejsce okazało się zbyt blisko klasztoru Daitoku i po protestach jego mnichów wybrał drugie miejsce, na południowym wschodzie od Kioto, na wzgórzach prowincji Yamashiro, w dystrykcie Owada w miasteczku Uji. Nowo wybudowany klasztor według wzorca Wanfu, otrzymał taką samą nazwę jak jego chiński wzór, tylko wyrażoną w zsinizowanej japońszczyźnie – Ōbaku-san Mampuku-ji (chiń. Huangboshan Wanfusi; pol. klasztor Wanfu na górze Huangbo). Klasztor ten stał się początkiem nowej, istniejącej do dziś szkoły zen ōbakuYinyuan założył jeszcze 15 klasztorów szkoły. Helen. J. Baroni. Obaku Zen. s. 56..
Yinyuan dał przekaz Dharmy 23 uczniom, z których trzech było Japończykami. Przywiózł do Japonii kaligrafię z epoki Ming oraz ceremonię herbaty sencha.