brak spójności z prawem wspólnotowym (Rząd podzielił stanowisko Komitetu Integracji Europejskiej), sprzeczność z konstytucyjną i międzynarodową zasadą równego traktowania cudzoziemców, nieprecyzyjne oszacowanie kosztów, tworzenie nowych kryteriów i nowej, odmiennej i niedopracowanej procedury potwierdzania polskiego pochodzenia (obok istniejącej już w ustawie o repatriacji), brak trybu zrzeczenia się Karty Polaka, nieuwzględnianie rodziny wnioskodawcy (w tym współmałżonka) oraz brak projektu przygotowania instytucji publicznych do obsługi Karty Polaka. W podsumowaniu rząd zaproponował uwzględnienie jego uwag w toku dalszych prac legislacyjnych oraz równoległe podjęcie innych działań zmierzających do poprawy sytuacji Polaków za granicą.
Do końca III kadencji Sejmu prac nad projektem nie ukończono. Ze względu na zasadę dyskontynuacji prac parlamentu projekt upadł.
Ustawa z 2007 mały|250px|Prezydent Rzeczypospolitej Polskiej Lech Kaczyński podpisuje ustawę z dnia 7 września 2007 r. o Karcie Polaka podczas III Zjazdu Polonii i Polaków z Zagranicy.