W połowie XVI w. do gotyckiego prezbiterium i nawy dobudowano południową kaplicę. W 1598 r. kościół posiadał cztery ołtarze (św. Mikołaja, Matki Bożej, św. Anny i Bożego Ciała), chrzcielnicę, tabernakulum oraz chorągiew i latarnie, które noszono przed kapłanem udającym się do chorego. W murze znajdowały się cztery furtki, w zachodniej części dziedzińca kościelnego znajdowała się kaplica św. Rocha oraz drewniana dzwonnica z trzema dzwonami. Przy kościele znajdował się cmentarz, szpital i szkoła parafialna. W połowie XVII w. od strony północnej postawiono kaplicę św. Stanisława (fundatorem był kasztelan biecki Andrzej Samuel Dembiński). Pod kościołem znajdowały się cztery podziemia, w których chowano wybitnych mieszczan m.in. Jana Wartałę Wartalskiego i Franciszka Wolnego. Kościół palił się trzykrotnie: w 1646, 1726 i 1748 r.
Miasto się rozwijało i na początku XX w. postanowiono o poszerzeniu kościoła. Projekt rozbudowy opracował Stanisław Oszacki. Rozbudowę przeprowadzono w latach 1912–1914, gdy proboszczem był ks. Jakub Kamieński. Świątynię konsekrował książę biskup Adam Stefan Sapieha 24 czerwca 1921 r. Z dawnego kościoła pozostało prezbiterium i kaplica św. Stanisława. W 2000 r. rozpoczęto prace przy renowacji świątyni.