W prezbiterium znajduje się ołtarz główny z 1882 r., dedykowany patronowi kościoła, według projektu inż. Franciszka Urbańczyka. Ołtarz został zbudowany na zlecenie ks. Władysława Głębockiego (proboszcza w Chrzanowie w latach 1881-1907). W ołtarzu umieszczono barokowe figury pochodzące z kościoła Mariackiego w Krakowie: św. Joachima, św. Anny, króla Dawida i czterech aniołów. Obraz św. Mikołaja w głównym ołtarzu, jak również św. Stanisława w kaplicy bocznej, malował Michał Stachowicz (1768 -1825). Obraz św. Stanisława został umieszczony prawdopodobnie w 1824 r., kiedy z Czernej sprowadzono ołtarz z czarnego marmuru. Badania wskazują, że wyrzeźbiono go dla kościoła w Czernej około 1600 r.
Ze starych i cennych przedmiotów w kościele św. Mikołaja można wymienić wczesnorenesansowy świecznik spiżowy, wykonany w 1534 r. przez Hansa Fischera w Norymberdze i barokową chrzcielnicę z 1648 r. Na bocznym filarze umieszczona jest mała mozaika przedstawiająca Matkę Bożą z Dzieciątkiem. Jest to dar Henryka Loewenfelda, który otrzymał ją od papieża Leona XIII.