Stosunki z królem i z Zamoyskim popsuły się szczególnie w wyniku zagarnięcia przez Zamoyskiego starostwa knyszyńskiego, pozostającego w dyspozycji Anny. Stało się to z mocy decyzji królewskiej w czasie, gdy była ona nieobecna w mieście. Anna daremnie próbowała wymóc na Henryku Walezym cofnięcie tej decyzji. Jak żaliła się w jednym z listów do siostry Zofii, sam król twierdził w rozmowie z nią, że takowej nie powziął, chociaż Anna nie wątpiła, iż pod tym zapisem widniał jego własnoręczny podpis. Zwracała się do Zofii również z prośbą, by owo wydarzenie poznali również inni władcy europejscy i przysłali swoich wysłanników na sejm. Nie zapadły jednak na nim żadne wiążące decyzje w kwestii Knyszyna, a Anna wypominała przyszłemu kanclerzowi (bez powodzenia) złe gospodarzenie w dobrach knyszyńskich jeszcze w czerwcu 1579. Już po rocznym panowaniu Henryk Walezy wrócił do Francji, gdzie objął tron po zmarłym bracie Karolu IX Walezjuszu. Nigdy formalnie nie zrzekł się tronu polskiego i do końca życia tytułował się królem Polski.