Małżeństwo ze Stefanem Batorym lewo|thumb|150px|Anna Jagiellonka w stroju koronacyjnym, Marcin Kober, po 1575 roku Nieoczekiwany obrót rzeczy uczynił ją jedną z faworytek drugiej elekcji. Była kandydatką do korony polskiej w czasie elekcji 1575 rokuStanisław Płaza, Wielkie bezkrólewia, Kraków 1988, s. 72.. 12 grudnia 1575 prymas Jakub Uchański ogłosił królem Polski cesarza Maksymiliana II Habsburga. W swoich pactach conventach cesarz zobowiązał się ożenić swojego syna Ernesta z Anną. Jan Zamoyski pogodził nastawiony antyhabsbursko i zrażony do kandydatur zagranicznych obóz szlachecki, promując do polskiej korony Annę, nad którą mieliby czuwać (czyli de facto posiadać władzę królewską) „Piastowie”, wojewodowie: sandomierski Jan Kostka i krakowski Andrzej Tęczyński. Jednak w wyniku kontrakcji Zborowskich miejsce tych ostatnich zajął książę siedmiogrodzki Stefan Batory. Ostatecznie, 15 grudnia 1575 Anna okrzyknięta została królem Polski. Jako posłowie z ramienia szlachty przybyli do niej pytać o jej zgodę reprezentujący stronnictwo prohabsburskie Jan Kostka oraz Jan Zamoyski, teraz stronnicy Stefana Batorego. Wówczas miała podobno Anna wypowiedzieć frazę, „że woli być królową niż królewiczową”. Dzień później zaś szlachta uznała ją definitywnie za króla „Piasta”, przydając jej za małżonka księcia siedmiogrodzkiego.