Obecny kształt uzyskała ostatecznie w 1520 roku.
Czasy nowożytne Reformacja thumb|Fragment wnętrza z amboną Okres nowożytny otwiera burzliwe dzieje katedry. Podczas gdy jeszcze wznoszono katedrę, w pobliskiej Wittenberdze 31 października 1517 Marcin Luter publikuje swoje 95 tez. Data ta zapoczątkowała okres reformacji w Niemczech, która obejmuje także Magdeburg. Luter prowadził działalność kaznodziejską w magdeburskiej katedrze, co spowodowało rozkwit luteranizmu wśród ludności miasta, większość kościołów przyjęło nową myśl chrześcijaństwa. Ówczesny arcybiskup Magdeburga, który pełnił podobny urząd w Moguncji Albrecht von Brandenburg zarządzał katedrą do jego śmierci w 1545. Skarbiec katedralny przeniesiono do Aschaffenburga (w wojnie trzydziestoletniej został złupiony przez Szwedów). W katedrę przejęli luteranie. Pierwszym pastorem i kaznodzieją katedry został teolog Siegfried Sack. Roku 1567, w pierwszą niedzielę adwentu w katedrze odprawiono pierwsze nabożeństwo. Miasto stało się wielkim ośrodkiem luteranizmu nie tylko od strony religijnej, ale także politycznej i kulturalnej.