Wojna trzydziestoletnia W 1631, podczas wojny trzydziestoletniej (1618–1648) wojska cesarskie pod dowództwem Johana von Tilly i Gottfrieda Heinricha von Pappenheima zdobyły Magdeburg, powodując wielkie zniszczenia miasta i straszliwą rzeź ludności cywilnej, także w katedrze, pomimo interwencji ówczesnego pastora Reinharda Bake, wymordowano mieszkańców którzy się schronili w katedrze, zanotowano liczne gwałty i splądrowanie wnętrza (m.in. zniszczono witraże). Z 4000 osób ocalała niewielka garstka (W całym mieście z 30 000 ocalało 5000 mieszkańców). Katedra stała się ponownie kościołem katolickim, aż do zakończenia wojny. Magdeburg stał się częścią Brandenburgii i został przebudowany na twierdzę. Katedra stała się ponownie świątynią luterańską. Jeszcze przed wojną otrzymała monumentalną ambonę, przez cała nowożytność wnętrze stopniowo wzbogacało się o rzeźbione epitafia.
XIX i XX wiek thumb|left|Prace przy odbudowie wnętrza katedry thumb|250px|Współczesny widok katedry z otoczeniem Gdy w 1806 do Magdeburga wkroczyła armia Napoleona, katedrę zamieniono w magazyn i stajnię dla koni, a w wirydarzu urządzono zagrodę dla owiec. Okupacja miasta zakończyła się w 1814.