Życie prywatne Miał trzy młodsze siostry: Hannę (1901–1944) po mężu Petrynowską – lekarkę, bohaterkę powstania warszawskiego, Józefę (1904–1942) po mężu Zaorską i Marię Michalinę Augustę (1899–1995) po mężu Czerniewicz. W 1918 ożenił się z Jadwigą z domu Moczydłowską (1892–1930). Mieli dwoje dzieci: Helenę (1920–1921) i Józefa (1921–1936). Jadwiga zmarła w 1930 na gruźlicę. 8 kwietnia 1931 ożenił się z pisarką Antoniną z domu Erdman (1908–1971). Mieli dwoje dzieci: Ryszarda (1936–2019) i Teresę (1944–2021) po mężu Zawadzką. Jan Żabiński i jego żony są pochowani na warszawskich Powązkach (kw. 212–III–4) .
Upamiętnienie Od 1980 Jan Żabiński jest patronem jednej z warszawskich ulic w dzielnicy UrsynówUchwała nr 60 Rady Narodowej Miasta Stołecznego Warszawy z dnia 22 lutego 1980 r. w sprawie nadania nazw ulicom, „Dziennik Urzędowy Rady Narodowej m.st. Warszawy, Warszawa, dnia 29 czerwca 1980 r., nr 8, poz. 6, s. 3.. W 2007 amerykańska pisarka Diane Ackerman opublikowała książkę The Zookeeper’s Wife (Żona dyrektora zoo) opisującą bohaterskie zachowanie rodziny Żabińskich w czasie wojny. Jest ona oparta głównie na wspomnieniach Antoniny Żabińskiej Ludzie i zwierzęta. W 2009 w wydawnictwie Świat Książki ukazał się polski przekład pod tytułem Azyl. Opowieść o Żydach ukrywanych w warszawskim zoo.