W 2017 premierę miała ekranizacja książki pod tytułem Azyl (ang. The Zookeeper’s Wife). Żabińskiego zagrał Johan Heldenbergh, zaś jego żonę – Jessica Chastain. Jana Żabińskiego i jego żonę upamiętnia jedna z tablic Praskiej Galerii Sław wmurowanych w chodnik ul. Stalowej w Warszawie w 2017 roku. Tablica pamiątkowa odsłonięta w 2021 na fasadzie willi Pod Zwariowaną Gwiazdą. W październiku 2022 roku nazwę Miejski Ogród Zoologiczny w Warszawie zmieniono (od 1 stycznia 2023 roku) na Miejski Ogród Zoologiczny im. Antoniny i Jana Żabińskich w Warszawie.
Odznaczenia i nagrody Krzyż Komandorski z Gwiazdą Orderu Odrodzenia Polski, pośmiertnie, 2008. Krzyż Komandorski Orderu Odrodzenia Polski 1956 Krzyż Niepodległości 16 marca 1937 „za pracę w dziele odzyskania niepodległości”. Krzyż Walecznych, dwukrotnie: 1920 i 1944 Złoty Krzyż Zasługi 1938 Medal Sprawiedliwy wśród Narodów Świata, 1965 Nagroda Miasta Stołecznego Warszawy Nagroda im.