Po kilku latach ciężkich walk flota jońska poniosła druzgocącą klęskę w roku 494 pod Lade i rebelia została stłumiona przez Persów (kwiat młodzieży jońskiej posłano na dwór Dariusza, gdzie z chłopców uczyniono eunuchów, a z dziewcząt nałożnice). Arystagoras zginął, Histiajosa wbito na pal (jego głowę Artafernes posłał Dariuszowi), a z jońskich miast najgorszy los spotkał Milet. Dla postrachu miasto zostało zrównane z ziemią, a ci, którzy przeżyli oblężenie, poszli w niewolę. Ocalała jedynie Samos, gdyż jej flota we właściwym momencie uciekła spod Lade.
Najważniejsze wydarzenia powstania 499 p.n.e. – oblężenie Naksos 498 p.n.e. – spalenie przez Greków Sardes, stolicy satrapii lidyjskiej 498 p.n.e. – bitwa morska pod Pamfylią 498 p.n.e. – bitwa pod Efezem 497 p.n.e. – zdobycie Cypru 496 p.n.e. – bitwa nad rzeką Marsyas (Persowie – straty 2000 ludzi, pokonali Karyjczyków – straty 10 000 ludzi) 496 p.n.e. – bitwy pod Labrandą i Pedason 494 p.n.e. – decydująca bitwa morska pod Lade, w pobliżu Miletu (Grecy 353 okręty, Persowie 600 okrętów) 494 p.n.e. – oblężenie Miletu 493 p.n.e. – bitwy pod Malene i Chios