W latach 90. przystąpiono do modernizacji zakładu pod względem ochrony środowiska i rozpoczęto dostosowanie zespołu elektrociepłowni do standardów europejskich, a także jej nowoczesną komputeryzację.
W listopadzie 1991 została przekształcona w jednoosobową spółkę Skarbu Państwa.
W latach 2014–2015 została wyposażona w instalację odsiarczania i odazotowania spalin.
Wielka fala i prywatyzacja W lipcu 1997 elektrociepłownia została zalana wodą podczas „powodzi tysiąclecia”. Uszkodzenia będące wynikiem powodzi usunięto szybko z pomocą specjalistów od energetyki z całej Polski, a zakład odzyskał zdolności produkcyjne.
Dzięki zgodzie Ministra Skarbu Państwa nabrał tempa proces prywatyzacji. 26 września 1999 nowo utworzona spółka przyjęła nazwę Zespół Elektrociepłowni Wrocławskich Kogeneracja S.A. Pierwsza emisja akcji miała miejsce w marcu 2000 r., natomiast 26 maja spółka zadebiutowała na Giełdzie Papierów Wartościowych w Warszawie.
Głównymi udziałowcami były spółki należące do Électricité de France: EDF Polska S.A., EDF International S.A., EDF Investment III B.V.