Prawdopodobnie już w 1263 roku miasto zaczęto osłaniać murami od strony zachodniej i północnej, gdzie brakowało naturalnych przeszkód, a tym samym zagrożenie atakiem było największe. W system obronny włączony został także zamek krzyżacki, budowany prawdopodobnie od lat 50. XIII wieku, w którym w latach 1270-1280 wzniesiono kaplicę. Na podstawie zachowanej kamieniarki i kształtek ceglanych można przypuszczać, że w budowie kaplicy uczestniczyli budowniczy najstarszej, wschodniej części katedry w Chełmży, a sklepienie refektarza było dziełem innego warsztatu przybyłego z Pomorza Zachodniego lub Meklemburgii.
W roku 1259 mieszczanie toruńscy uzyskali od Krzyżaków przywilej pozwalający na wzniesienie domu kupieckiego, który po 1274 rozbudowano o kramy i ławy chlebowe. W tym czasie zabudowę rynku należy wyobrazić sobie jako dwa równoległe skrzydła (wschodnie i zachodnie) połączone murami kurtynowymi, z wieżą w narożu południowo-wschodnim.
Na skutek dużego napływu ludności do Torunia Krzyżacy w 1264 roku zdecydowali się na założenie Nowego Miasta, które od początku otoczone było murami obronnymi.