W 1989 roku z Nautilusa odszedł współzałożyciel – Dmitrij Umiecki. Jego decyzja była spowodowana częstymi zmianami składu zespołu oraz sporami i kłótniami dzielącymi muzyków Nautilusa, które pojawiły się wraz z nadejściem sukcesu. Zaraz po tym Butusow na rok rozwiązał grupę. W 1989 roku wraz z udziałem byłego współlidera nagrano album „” (wydany w 1995). Umiecki do zespołu nie powrócił.
W tym samym roku Kormilcew, Butusow i Umiecki zostali uhonorowani Komsomolską Nagrodą Lenina. Kormilcew zrezygnował z wyróżnienia z uwagi na przekonania polityczne. Butusow nie pojawił się na ceremonii przyznania, a otrzymane pieniądze przekazał na cel charytatywny. Umiecki jako jedyny przyjął nagrodę.
Wraz z początkiem lat 90. i ustanowieniem nowego składu zmieniło się również brzmienie Nautilusa, większą rolę w utworach odgrywała wówczas gitara.
W 1993 roku grupa świętowała 10- lecie istnienia i z tej okazji został wydany koncertowy album Отчёт 1983–1993. Udział w projekcie wzięły m.in. zespół Aleksieja Mogilewskiego Ассоциация, Akwarium, Nastia, Czajf i Agata Kristi, wykonując covery popularnych utworów Nautilusa.
Wiaczesław Butusow rozwiązał zespół w 1997 roku bez podania konkretnej przyczyny. Decyzję o rozpadzie podjęto podczas nagrywania ostatniego albumu grupy.