Jan Kazimierz opuszcza miasto 19 września do miasta przybył pobity pod Żarnowem Jan Kazimierz w towarzystwie kilku tysięcy żołnierzy oraz pospolitego ruszenia. Całość była dość przypadkową zbieraniną. Szlachta była mocno zdemoralizowana, szukała możliwości wyjścia cało z opresji i opuszczała masowo króla. Wojsko skonfederowane w Prądniku zażądało wypłaty zaległego żołdu wypowiadając posłuszeństwo hetmanowi polnemu koronnemu Stanisławowi Lanckorońskiemu. Kraków musiał utrzymać całą tę bezładną ciżbę nie mogąc jednocześnie liczyć na jakiekolwiek wsparcie obrony miasta z jej strony.
20 września odbyła się rada senatu, na której król i senatorowie zapewnili się o wytrwałości wobec niebezpieczeństw. Początkowo Jan Kazimierz myślał nawet o pozostaniu w mieście i obronie Krakowa jednak pomysł ten wyperswadowali mu senatorowie.
Natychmiast po radzie wysłano na Śląsk królową pod opieką prymasa Andrzeja Leszczyńskiego. Nocą 24 września miasto opuścił król, który uległ panice w jaką wpadło wojsko i szlachta na wieść o zbliżającej się armii szwedzkiej. Król udał się na wschód w kierunku Wojnicza, a następnie przez Nowy Wiśnicz do Nowego Sącza i dalej ku granicy cesarstwa.