Nawet po tym wypadku nie zrezygnował z regularnego objeżdżania wałów.
Czarniecki starał się grać na zwłokę jednak zdając sobie sprawę ze słabych nastrojów wśród wojska i mieszkańców świadomych braku szans na odsiecz, podjął 12 października rozmowy kapitulacyjne. Najbardziej przeciwni kapitulacji byli profesorowie Uniwersytetu Krakowskiego. Czarniecki jednak zdawał sobie sprawę, że w danej sytuacji dalszy opór może doprowadzić do zniszczenia i wygłodzenia miasta – postanowił więc oszczędzić i miasto, i te oddziały wojsk regularnych, które miał ze sobą. Z tego powodu zdecydował się 13 października na poddanie miasta. 17 października podpisano ze Szwedami umowę złożoną z 11 punktów gwarantującą wolność religii katolickiej, bezpieczeństwo osobiste i majątkowe dla Kościoła, urzędników, szlachty i mieszczan, zachowanie dotychczasowych przywilejów miasta i Akademii Krakowskiej, wzajemną wymianę jeńców. Załodze wojskowej oraz urzędnikom i dworzanom Jana Kazimierza umożliwiono wymarsz z miasta. Na podstawie zawartej umowy oddziały polskie biorące udział w obronie Krakowa otrzymały leże zimowe w okolicach Oświęcimia, Zatora, Sławkowa, Będzina, Siewierza i Koziegłów.