Pomimo tego, że został później oczyszczony z zarzutów, Fukuda zrezygnował z pracy w ministerstwie w 1950 r.
Kariera polityczna Po odejściu z ministerstwa Fukuda postanowił wypróbować swoich sił w polityce, co w owych latach było stosunkowo powszechną praktyką pośród dawnych wysokich urzędników ministerialnych. Wykorzystał reputację swojej rodziny w rodzinnym okręgu i ubiegał się z powodzeniem o mandat deputowanego do Izby Reprezentantów w wyborach w 1952 roku jako kandydat niezależny. Niedługo potem poznał wracającego wówczas na japońską scenę polityczną byłego ministra Nobusuke Kishiego. Podążając za Kishim dołączył wspólnie z nim do Partii Liberalnej, ugrupowania ówczesnego premiera Shigeru Yoshidy. W 1954 roku, po konflikcie Kishiego z Yoshidą, w wyniku czego ten pierwszy został wydalony z Partii Liberalnej, Fukuda poszedł w jego ślady i również odszedł z partii. Następnie dołączył do nowo utworzonej przez Kishiego Japońskiej Partii Demokratycznej